Tingginya tekanan aktivitas manusia, atau anthropogenic pressure, terhadap berbagai komponen ekosistem pesisir merupakan salah satu penyebab terjadinya degradasi kualitas lingkungan dan terancamnya kekayaan hayati di Indonesia. Pembangunan yang tidak memperhatikan efek lingkungan, konflik penggunaan lahan, pencemaran oleh limbah, pemanfaatan sumberdaya hayati secara ilegal, kerusakan habitat oleh kegiatan pertambangan, tumpang-tindih peraturan dan wewenang, permasalahan ekonomi masyarakat lokal, serta berbagai masalah sosial-ekonomi lain secara langsung maupun tidak langsung telah mengancam keberlangsungan fungsi ekosistem pesisir di Indonesia. Pada saat yang sama, berkurangnya fungsi ekologis dari berbagai ekosistem pesisir juga dapat mengancam kehidupan masyarakat dan berpotensi mengakibatkan kerugian ekonomi bagi masyarakat pesisir.
Berdasarkan Peraturan Presiden Nomor 16 tahun 2017 tentang Kebijakan Kelautan Indonesia, salah satu strategi untuk mengatasi permasalahan lingkungan di Indonesia adalah dengan meningkatkan perlindungan terhadap kelestarian keanekaragaman hayati laut melalui konservasi ekosistem, jenis (spesies), dan genetik, serta melakukan rehabilitasi terhadap ekosistem yang terdampak aktivitas manusia. Berdasarkan data dari Direktorat Konservasi Kawasan dan Jenis Ikan, Kementerian Kelautan dan Perikanan, hingga tahun 2013 terdapat 131 kawasan konservasi perairan di Indonesia, dengan total luas wilayah konservasi mencapai 15.76 juta hektar. Namun, banyak dari kawasan konservasi tersebut berada di area yang memiliki tekanan aktivitas manusia yang tinggi, sehingga dibutuhkan penelitian mendalam yang bersifat inter-disipliner serta lintas-institusi untuk menyelesaikan berbagai masalah yang timbul di kawasan konservasi dan rehabilitasi lingkungan pesisir di Indonesia.
Oleh karena itu, penelitian bertema Konservasi dan Rehabilitasi Pesisir ini diharapkan dapat memberi kontribusi nyata sebagai bagian dari solusi untuk mengatasi berbagai masalah yang dihadapi oleh ekosistem pesisir di Indonesia. Hasil tersebut dapat berupa informasi, database, naskah ilmiah, naskah semi-populer, konsep, peta jalan (road map), strategi, atau pun kebijakan berkekuatan hukum yang dapat diterapkan baik di tingkat lokal maupun nasional. Selain itu, dihasilkannya berbagai macam teknologi terapan yang murah, mudah dipahami dan diaplikasikan oleh masyarakat, serta efisien dalam mendukung usaha konservasi dan rehabilitasi juga dapat menjadi hasil akhir yang diharapkan dari riset-riset bertema Konservasi dan Rehabilitasi Pesisir ini.
Dalam pelaksanaannya, kelompok tema Konservasi dan Rehabilitasi Pesisir ini mengacu pada topik riset berikut:
1. Kajian efektivitas zonasi dan keberadaan kawasan konservasi pesisir terhadap biodiversitas dan layanan/fungsi ekologis dari ekosistem yang dilindungi.
2. Kajian dampak sosial-ekonomi dari keberadaan kawasan konservasi pesisir, termasuk manfaat ekologi dan fungsi ekonomi dari kawasan konservasi.
3. Valuasi nilai ekonomi dari kawasan konservasi, termasuk biodiversitas dan layanan/fungsi ekologis dari kawasan tersebut.
4. Daya dukung lingkungan pesisir di wilayah konservasi untuk kegiatan pemanfaatan sumber daya laut.
5. Kajian dampak program intervensi (misal: COREMAP-CTI) terhadap pengelolaan ekosistem pesisir, termasuk usaha konservasi dan rehabilitasi ekosistem.
6. Peranan keberadaan kawasan konservasi pesisir terhadap Wilayah Pengelolaan Perikanan (WPP).
7. Dampak destructive fishing, seperti: kapal pukat, bottom trawl, bom ikan, dan racun ikan, terhadap kawasan konservasi pesisir.
8. Rehabilitasi terumbu karang yang mencakup teknik, lokasi, dan regulasi yang mendukung kegiatan tersebut.
9. Dampak perubahan tipe ekosistem pesisir, misal: terumbu karang menjadi makroalgae, serta langkah mitigasinya.
10. Kajian rona awal lingkungan (environmental baseline analysis) dari rencana pemanfaatan sumberdaya hayati dan non-hayati di sekitar kawasan konservasi, misalnya tambang dan energi.
11. Observasi distribusi serta perilaku mamalia laut (seperti: dugong, paus, dan lumba-lumba), reptilia laut (seperti: penyu), dan ikan (termasuk ikan hiu paus, hiu, dan pari) yang terancam punah di sekitar kawasan konservasi.
12. Kajian peranan kearifan lokal dan keterlibatan masyarakat terhadap manajemen kawasan konservasi pesisir, serta usaha rehabilitasi ekosistem pesisir.
Meskipun demikian, tidak menutup kemungkinan masuknya topik-topik riset lain di luar topik yang telah disebutkan di atas, terutama bila daerah kajian riset diketahui memiliki permasalahan atau tantangan spesifik terkait dengan tema Konservasi dan Rehabilitasi Pesisir.